Tras siglos de cautiverio en la Torre del Fin del Mundo donde fue sellado por los Poderes en la Sombra, la ancestral entidad conocida como Omega está a punto de liberarse. Para ello, trata de reunir almas poderosas en el Orbe del Infinito, un artefacto que puede alterar las reglas de la misma creación. Con cada una de las cadenas que quiebra, el orden de Gaïa se sacude, y acontecimientos imprevistos suceden por doquier. Es posible que, con el tiempo, todo se encuentre sumido en el caos. Por suerte, desconocedores de su propio destino, varios individuos han iniciado sus andanzas por el mundo sin un rumbo fijo. Lo ignoran, pero son las únicas personas que pueden evitar el resurgir de Omega y la gran destrucción que ello traería consigo. Solo ellos podrán detener el final de los tiempos y devolver el Orbe del Infinito a la nada de donde nunca debió salir. Ese es vuestro destino y nuestra salvación.

En Anima: La Sombra de Omega está en vuestras manos encarnar a un grupo de hasta cuatro individuos especiales de los veinte que se ponen a tu disposición. Deberás controlar sus poderes mágicos, sus artimañas y técnicas de Ki con el objetivo de cumplir una serie de misiones que te permitirán detener el retorno del Señor del Infinito. Pero cuidado, los otros jugadores intervendrán en la historia, usando cartas de trama contra ti para detener tu avance y asegurar así su propia victoria.